Các phần thưởng cao quý đã được Nhà nước/Bộ/Cơ quan trao tặng
- 1992: Huân chương lao động hạng nhất
- 1998: Huân chương lao động hạng nhất
- 2000: Giải thưởng Hồ Chí Minh
- 2000: Danh hiệu Đơn vị Anh hùng lao động
- 2001: Cờ thi đua của Chính phủ
- 2002: Cờ thi đua của Chính phủ
- 2003: Cờ thi đua của Chính phủ
- 2004: Cờ thi đua của Chính phủ
- 2005: Giải Nhì VIFOTEC
- 2006: Giải Nhì VIFOTECT
- 2007: Cờ Thi đua của Bộ NN&PTNT
- 2008: Huân chương độc lập hạng ba
- 2009: Kỷ niệm chương vì sự nghiệp của ngành Thủy sản
- 2010: Giải thưởng toàn quốc "Vì sự phát triển Nông nghiệp, Nông dân, Nông thôn"
- 2013: Bằng khen của Bộ KH&CN cho tập thể Viện đã có nhiều đóng góp trong hoạt động khoa học và công nghệ về quỹ gen giai đoạn 2001 - 2013
- 2014: Bằng khen của Bộ VHTTDL cho tập thể Viện đã phối hợp với Khu di tích Chủ tịch Hồ Chí Minh tại Phủ Chủ tịch thực hiện tiết kiệm hiệu quả trong quá trình tu bổ Ao cá Bác Hồ
- 2015: Cờ thi đua Bộ NN&PTNT cho đơn vị thi đua xuất sắc
- 2015: Tập thể lao động xuất sắc
- 2015: Bằng khen của Bộ NN&PTNT vì đã có thành tích xuất sắc trong thực hiện Giai đoạn I "Chiến lược Quốc gia về bình đẳng giới, giai đoạn 2011 - 2015.
- 2016: Cờ thi đua Bộ NN&PTNT cho đơn vị thi đua xuất sắc
- 2016: Tập thể lao động xuất sắc
- 2016: Bằng khen của Bộ NN&PTNT cho tập thể đã có thành tích hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ công tác năm 2014-2015
- 2016: Bằng khen của Bộ NN&PTNT cho tập thể Viện đã có thành tích xuất sắc trong công tác kiểm tra, tìm nguyên nhân hiện tượng cá chết, xây dựng phương án hỗ trợ người dân 4 tỉnh Hà Tĩnh, Quảng Bình, Quảng Trị, Thừa Thiên Huế bị thiệt hại trong sự cố môi trường biển
- 2016: Bằng khen của Viện Hàn Lâm KHCN cho tập thể Viện đã có thành tích xuất sắc, đột xuất trong việc tìm nguyên nhân sự cố môi trường 4 tỉnh miền Trung
- 2017: Cờ thi đua Bộ NN&PTNT cho đơn vị thi đua xuất sắc
- 2017: Tập thể lao động xuất sắc
- 2017: Bằng khen của Bộ NN&PTNT cho tập thể đã có thành tích hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ công tác năm 2015-2016
- 2017: Bằng khen Trung ương Hội nghề cá Việt Nam cho tập thể đã có thành tích xuất sắc trong sản xuất và kinh doanh Đạt danh hiệu chất lượng vàng Thủy sản Việt Nam năm 2017
- 2018: Bằng khen của Bộ NN&PTNT cho tập thể có thành tích xuất sắc trong 5 năm thực hiện đề án tái cơ cấu ngành nông nghiệp, giai đoạn 2013-2018
- 2018: Bằng khen của Bộ NN&PTNT cho tập thể đã có thành tích hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ công tác năm 2016-2017